Yaiba является часть ответвлением основной линии повествования Ninja Gaiden. Главным героем является Яиба, ниндзя павший от руки Рю Хаябусы, главного персонажа сериала. Река Усьва могла бы стать отличным местом погребения зомби, с которыми, по сюжету игры предстоит бороться. После смерти от руки Рю, воин был воскрешен учеными крупной корпорации. Его тело претерпело ряд изменений, ему имплантировали кибернетические руку и глаз, потерянные в смертельном бою.